Les litiges dans le cadre des exploitations agricoles (et non pas du domaine agricole dans son ensemble) sont soumis à une juridiction spécifique : le tribunal paritaire des baux ruraux. Derrière cette dénomination quelque peu rébarbative se trouve un tribunal situé au sein des tribunaux d'instance.
Ce tribunal tranche uniquement les conflits entre propriétaires de terres agricoles et les fermiers ou métayers. Le métayage étant un bail agricole où l'agriculteur et le propriétaire de la terre se partagent les récoltes (en nature donc) ou les bénéfices des récoltes. Quant au fermage, il s'agit d'un loyer. Le prix de ce loyer n'est pas libre mais soumis au Code rural, il est donc déterminé chaque année en amont.
Dans les deux cas de figure, il peut donc survenir un contentieux entre l'exploitant agricole et le propriétaire des terres qu'il cultive : désaccord sur le montant d'un fermage, désaccord sur la durée du métayage, ou encore quand le propriétaire souhaite reprendre sa terre. C'est donc au tribunal paritaire des baux ruraux de trancher.
Ce tribunal est présidé par le juge d'instance assisté de quatre juges non professionnels qui sont élus pour 6 ans : deux représentants de propriétaires et deux représentants d'exploitants agricoles bailleurs.
Pour cela, le demandeur (que ce soit l'exploitant agricole ou le propriétaire) envoie une lettre recommandée, ou par huissier de justice, au tribunal qui convoquera ensuite les deux parties. La présence des deux est obligatoire à l'audience. Chacun pouvant être assisté.
Comme pour le Conseil des prud'hommes, le tribunal paritaire des baux ruraux passe inévitablement par une tentative de conciliation, c'est la première audience.
En cas d'échec de la conciliation ou de défaillance, un jugement aura lieu. La possibilité de faire appel n'existe que pour les litiges dont l'enjeu est supérieur à 4000 €. Si la somme est moindre, le seul recours possible doit se faire auprès de la Cour de cassation, qui prendra une décision uniquement sur l'application de la loi et non sur le fond du litige.